Som biskop i Roskilde fik den senere ærkebiskop Absalon i 1167 byen Havn som len af Valdemar den Store. Han byggede en borg på en holm på det sted hvor Københavns Slot senere skulle blive udbygget og ende med at blive afløst af hele tre udgaver af Christiansborg. Absalons borg var bygget af hvide kridtsten fra Stevns Klint, og man kan stadigvæk se de metertykke mure under Christiansborg Slot. Allerede 81 år efter grundlæggelsen erobrede Lübeckerne byen i 1248 under Erik Plovpenning, hvor de nedrev Absalons Borg. Den blev dog hurtigt genopbygget. 11 år efter var den gal igen, da der under Christoffer 1. i 1259 var kampe med Erik Abelsøn og fyrst Jaromar 2 af Rügen, som gennembrød bymuren og angreb borgen. I 1359 blev borgen endeligt ødelagt af Lybækkerne, som under deres kampe med Valdemar Atterdag erobrede byen. De sendte 50 håndværkere fra Lybæk, som forestod nedrivningen. Man kunne ikke genopføre borgen, men i stedet for opførte man Københavns Slot.