Tøjhushavnen, bygget af Christian 4 i København, var stedet, hvor flådens skibe blev forsynet med kanoner og proviant. Langs med havnen lå derfor Tøjhuset og Provianthuset. Nu er havnen fyldt op og er blevet til Det kongelige Biblioteks have. I forbindelse med Tøjhuset byggede Christian 4 og Bryghuset, som skulle forsyne flåden med øl.