Fredericia blev grundlagt af Frederik 3 i 1650 på Bers Odde, hvor svenskerne havde bygget en skanse i 1643 under Torstensonkrigen. Byen hed oprindelig Frederiks Odde. Den skulle forsvare Jylland mod syd, hvor svenskerne havde store besiddelser i Nordtyskland vundet under Gustav Adolf.
Da svenske styrker trængte op i Jylland i 1657, kunne de i første omgang ikke erobre fæstningen, men 24. oktober stormede de byen og besatte den. Kampene betød store ødelæggelser i forsvarsanlæggene, som blev repareret og fornyet efter krigen.
Byen spillede en vigtig rolle i Første slesvigske Krig, hvor den i 1849 var omringet af oprørsstyrkerne fra hertugdømmerne. Fra søsiden blev der tilført danske forstærkninger, og 6. juli gjorde de danske et udfald, hvor de besejrede den tyske styrker ved Treldeskansen. Denne er i dag erstattet af Skanse 4 ved Avlsbrugervej. Under kampene faldt lederen af de danske styrker, oberst Olaf Rye .
Sejren i 1849 er mindet dels ved Bissens statue af Den tapre Landsoldat og del ved krigergraven på Trinitatis Kirkegård.