Holmens Kirke er bygget af Christian 4, som ombyggede den eksisterende ankersmedie på Bremerholm
Bremerholm var flådens værft siden 1500-tallet, hvor det afløste Engelsborg, som var grundlagt af Kong Hans i Nakskov Fjord. Det underlige navn skyldes måske, at kongen hentede skibsbyggere fra Bremen eller at der voksede brombær på stedet. Værftet lå på en ø (holm), som ved opfyldnng blev gjort landfast med Sjælland. Skibene sejlede ind til værftet ad Holmens Kanal, som stadig er navnet på gaden fra Kongens Nytorv mod Holmens Kirke. Værftet blev også brugt som straffeanstalt for grove forbrydere. Fangerne skulle arbejde som slaver lænket i jern. Da flåden flyttede ud på Nyholm på Christianshavn, fik området navnet, Gammelholm.