Niels Juel deltog i Karl Gustav krigene, men blev admiral for den danske flåde i Skånske Krig. Hans næstsøskendebarn, Just Juel, var viceadmiral under Store Nordiske Krig, hans bror, Jens Juel, var gehejmestatsminister og diplomat under Frederik 3, Christian 5 og Frederik 4 og hans oldebarn var den berømte maler, Jens Juel.
Niels Juel anførte med stor succes den danske flåde under Skånske Krig (1575-79). Han er kendt for at have vundet slaget ved Møn, 1. juni 1677, men særlig kendt er han for at have besejret en langt større svensk flåde i Slaget i Køge Bugt, 1. juli 1677.
Som betaling for sin tjeneste fik Niels Juel overdraget Tåsninge med Valdemar Slot.
Niels Juel er begravet i Holmens Kirke.