Niels var uægte søn af Knud 5. Han var omkring 7 år, da hans far blev dræbt i Roskilde, men han kom i pleje hos Valdemar og Sophia sammen med lillebroderen, Valdemar. Man ved ikke så meget om hans voksne liv, men han virkede i Aarhus og udrettede mange mirakler inden sin død. I Aarhus er der nogle lokaliteter med tilknytning til Niels. Sankt Nicolaus’ kilde ved strandvejen er opkaldt efter ham, uden at man dog har en præcis hændelse, som forklarer dette. Kilden er i dag udtørret, men der findes et anlæg omkring den.
I Viby er der også en kilde, som sprang et sted, hvor Niels med sin stok tegnede omridset af et kors i jorden. Kilden findes ikke længere, men lå i den sydlige del af krydset mellem Åhavevej og Viby Ringvej på et sted, hvor der i middelalderen lå byen, Nordby. Der er fundet rester af et kapel og en kirkegård på stedet.
På Skt. Olufs Kirkegård er opsat et mindekors for Niels.
Niels døde i 1180 i en alder af ca. 30 år. Han blev i første omgang begravet i Vor Frue Kirke, men blev efterfølgende flyttet til den trækirke, som blev forløberen for Aarhus Domkirke. Dette sted havde været hans eget ønske. Der skete også mirakler ved graven, som blev et sted, hvortil folk søgte for at blive helbredt. Bl.a. blev Esberns Snares barnebarn, Andreas Strangesen helbredt.