Anna af Brandenburg var datter af kurfyrste Johan Cicero af Brandenburg og Margrethe af Thüringen, og på denne måde var hun også i familie med sin svigermor, Dorothea af Brandenburg.
Hun blev gift med Frederik 1 i 1502 ved et dobbeltbryllup, hvor hendes bror, Joachim Nestor af Brandenburg blev gift med Frederiks niece, Elisabeth. Anna blev mor til den senere kong Christian 3.
Anna døde allerede som 26 årig af tuberkulose. Hun blev begravet i klostret i Bordesholm, hvor der findes en sarkofag med broncestatuer af både hende og Frederik, selv om han overlevede hende frem til 1533.