Christian 4 havde brug for at financiere sine krige, særligt Torstensonkrigen 1643-45. Derfor optog han lån hos den nederlandske storkøbmand, Gabriel Marselis (1609-73).
Lånet blev i 1661 tilbagebetalt af Frederik 3 i form af besiddelser i Danmark. En af disse besiddelser var Havreballegård ved Aarhus. Gården havde tjent for Aarhusgården og siden Bispegården i Aarhus. Til Havreballegård hørte store arealer, hvor bl.a. det nuværende Marselisborg Slot, Slotsparken, Mindeparken, Tivoli Friheden og Aarhus Stadion ligger. Gården blev hærget under Karl Gustav krigene 1658-1660 og henlå faldefærdig med mange tilbygninger. I 1684 skiftede gården navn til Marselisborg. Den har gennem tiden haft mange ejere. Her skal særligt nævnes tre:
Constantin Marselis (1647-1699) ejede gården fra 1680-99.
Han var søn af Gabriel Marselis, og overtog faderens gård. Han boede dog for det meste på Constantinsborg. Constantin Marselis er begravet i Aarhus Domkirke.
Ulrik Christian Gyldenløve (1678-1719) ejede gården fra 1699-1719.
Han var søn af Christian 5 og dennes elskerinde Sophie Amalie Moth. Ulrik Christian Gyldenløve var admiral og ledede den danske flåde under Store Nordisk Krig. Ulrik Christian Gyldenløve er begravet i Vor Frue Kirke i København.
Frederik Danneskjold Samsøe (1703-70) ejede gården fra 1719-70.
Han var Ulrik Christian Gyldenløves nevø. Frederik Danneskjold Samsøe skabte ligesom sin onkel en karriere indenfor søværnet. Under Christian 6 var han således administrativ chef for marinen og stod for udbygningen af Holmen. Han blev afskediget under Fredrik 5, men kom igen kortvarigt ind i varmen under Christian 7. Frederik Daneskjold Samsø døde i 1770 og er begravet i Vor Frue Kirke i Aarhus.
I 1896 købte Aarhus Kommune gården med tilhørende jord.
På jorden oprettedes Marselisborg Gymnasium i 1898. Gården blev nedrevet i 1909, men allerede i 1902 stod det nye slot, Marselisborg Slot, færdigt. Det blev bygget på den gamle gårds jorde og blev givet som folkegave til Christian 10 og dronning Aleksandrine.