Flynderborg er formentlig fra tidlig middelalder og kan være bygget under Valdemar den Store. Det var af typen Motte-Bayley, altså et dobbelt voldsted, hvor der på den ene banke har været et forsvarstårn og driftsbygninger på den anden. I 1368 blev borgen nedrevet af Lybækkerne under deres strigheder med Valdemar Atterdag. Erik af Pommern byggede Krogen til erstatning for borgen. I dag er sporene efter borgbanken næsten forsvundet under Fynderborgvej, Sdr. Strandvej, Stuppedamsvej og jernbanen. Navnet Flynderborg er ikke særlig gammelt. Lybækkerne kaldte borgen “Helsingørs Hus” ligesom Koldinghus og Skanderborghus.
