Krogen blev anlagt der, hvor Kronborg nu ligger af Erik af Pommern omkring 1420 som afløser for Flynderborg, som lå højere oppe og længere inde i landet. Borgen var sammen med Kärnan, Landskrona, Malmøhus og Københavns Slot et led i kongens strategi om at sikre de danske købstæder og beskytte handlen for at genvinde den økonomiske magt fra Hansestæderne og også som magtbasis for opkrævning af øresundstolden. I 1441 sad Peder Oxe som kommandant på borgen. Han var tro mod kong Erik af Pommern, som var blevet afsat af rigsrådet i 1439. Peder Oxe var også herremand på Asserbo. Men Krogen blev belejret af en flåde af af danske og hanseatiske skibe, så han han måtte bøje sig og støtte efterfølgeren, Christoffer af Bayern. Borgen eksisterede frem til 1570, hvor Frederik 2 byggede Kronborg på stedet.
