Prins Jørgen var søn af Frederik 3 og Sophie Amalie. Han arvede Vordingborg Slot i 1670, hvor han rev dele af borgen ned og byggede et barokpalæ i 1673. Prins Jørgens Gård ved Christiansborg Slot har sit navn efter en staldbygning, som Christian 5 byggede til sin bror.
Han blev gift med Anne Stuart i 1683 i England, hvor han blev prinsgemal i 1702 under navnet George af Danmark. Anne var i øvrigt tipoldebarn af Frederik 2. Ægteskabet resulterede ikke i nogen levendefødte børn. Det var harmonisk, selv om Anne dyrkede forhold til andre kvinder, herunder Sarah Jennings, hvis svigerinde, Arabelle Churchill, var Annes fars elskerinde.
Prins Jørgen døde i 1708 er begravet sammen med sin hustru i Westminster Abbey.