Hannibal Sehested var gift med Christiane, som var datter af Christian 4 og Kirsten Munk. Han blev statholder i Norge i 1642 og arbejde på en fornyelse af rigernes styre. Under Torstensson-krigen 1643-45 erobrede han dele af Sverige fra sit udgangspunkt, Norge. Efter freden i Brømsebro styrkede han sin egen stilling i Norge med støtte fra Christian 4, som på sin side ville svække Rigsrådets indflydelse og sikre sig en støtte mod rådet og med sin anden svigersøn, Corfitz Ulfeldt. Under Frederik 3 blev han afsat som statholder pga. rod i økonomien, men kom tilbage og blev dansk hovedforhandler i 1660 ved afslutningen af den anden Karl Gustav krig. Senere blev han rigsskatmester.
Efter krigen arbejdede han udenrigspolitisk med at søge fransk og dansk støtte til Danmark. I den forbindelse boede han ofte i Paris, og her døde han også i 1666. Begravelsessted ukendt