Søborg slot blev grundlagt af ærkebiskop Eskild i 1130’erne. På den tid lå der tre holme i Søborg Sø, og borgen blev bygget på den yderste. På den mellemste holm blev anlagt driftsbygninger til borgen og her groede en landby med trækirke og kirkegård frem samt tegnlovne, som skulle forsyne opbygningen af slottet samt den nuværende Søborg Kirke på inderholmen. Byen blev senere flyttet til den inderste holm, hvor den ligger i dag med sin store kirke, fra dengang byen havde købstadsstatus. Mellem den inderste og den mellemste holm blev der bygget et voldanlæg bestående af en dobbeltvold. Eskild byggede det ottekantede tårn, som blev omgivet af en vold med palisader. Borgen blev erobret i 1161 af Valdemar den Store. Ved erobringen stillede man en galge op udenfor slottet og foregav at man ville hænge Eskilds dattersøn, Karl Karlsøn. Belejrerne skrev også et falsk brev fra ærkebiskop Eskild, som opfordrede forsvarerne til at opgive borgen, hvilket de også gjorde. Valdemar og hans efterfølgere udbyggede borgen med ringmur, porttårn, et palatium, flere tårne og en rundkirke. Slottet blev benyttet af de danske konger i middelalderen. F.eks. blev Dronning Margrethe 1 efter sigende født her i marts 1353. Efter Valdemars erobring af borgen blev den brugt som statsfængsel. Af kendte fanger kan nævnes
- Prins Buris
- Magnus Eriksøn
- Knud Karlsøn
- Biskop Valdemar af Slesvig
- Grev Adolf 3 af Holsten
- Hertug Valdemar Eriksøn af Sønderjylland
- Ærkebiskop Jens Grand
Søborg Kirke
Kirkens ældste teglsten er isotopdateret til omkring 1140, hvilket er noget tidligere end de øvrige teglstensbygninger i Danmark. Disse sten er af mindre størrelse end de senere munkesten og kaldes Eskild-sten. Stenene findes også på borgruinen og tyder på at kirken stammer tilbage fra 1140’erne, hvor Eskild kan have indført teknikken til landet. Kirken er officielt dateret til 1225.
I den kongeløse tid 1332-1340 var borgen pantsat til den holstenske grev Johan, men i 1344 blev den igen dansk og overtaget af Valdemar Atterdag.