Malmøhus blev grundlagt i 1334 af Erik af Pommern for at sikre trafik og handel på Øresund. De nuværende bygninger blev påbegyndt i 1536 under Christian 3. I 1533 var slottet udgangspunkt for den katolske belejring af Malmø, for at jage de lutherske prædikanter bort, men militæret måtte forlade borgen for at kæmpe imod grev Christoffer af Oldenburg i Holsten. Derefter indtog byens borgere slottet og hærgede det. Borgen var nu på oprørernes side indtil sommeren 1536, hvor byen overgav sig til Christian 3, og fik sine gamle privilegier tilbage. Frederik 2 boede meget på slottet fra 1552 til 1559, hvor han blev konge. I perioden 1568-73 sad James Hepburn indespærret på slottet, inden han blev overført til Dragsholm Slot. Under Karl Gustav krigene boede Corfitz Ulfeldt og Leonora Christine i Malmø, som var blevet svensk ved Roskildefreden i 1658, og her holdt Leonora Christine hof for de svenske officerer på Malmøhus