Frederik 2 byggede i perioden 1574-1585 Kronborg til erstatning for Krogen, som var bygget af Erik af Pommern omkring 1420. Mange af murene fra Krogen blev stående men beklædt med sandsten og bygningerne blev gjort højere.
Frederik 2 indrettede slottet som et pragtslot. Der var f.eks. Den store Sal eller Dansesalen, som er 60 meter lang og var Nordeuropas største. Loftet var træskærerarbejde, som gik tabt, da slottet brændte i 1629.
Dansesalens vægge var beklædt med 43 vævede tapeter baseret på tegninger af Hans Knieper forestillende den danske kongerække. Der er nu kun 15 tilbage, hvoraf de 7 er på slottet. De sidste 8 hænger på Nationalmuseet. Her kan du se alle tapeterne.
Pragtstykket var dog tronhimlen. Den findes i dag på Nationalmuseet i Stockholm. På Kronborg er kun en kopi
Kronborg brændte i 1629 lige efter den ødelæggende Kejserkrig, men Christian 4 fik hurtigt bygget slottet op igen med hjælp fra en forøget sundtold. Dog blev det indre ikke så flot, som det havde været. I 1658 blev slottet indtaget af svenskerne under den anden Karl Gustav krig. Dermed kunne svenskerne kæmpe mod en eventuel hollandsk undsætningsflåde. Denne kom allerede 29 august 1658 og blev beskudt af de svenske styrker fra Kronborg. Men uden særligt resultat, da hollænderne holdt sig langt mod øst. Efter et stort søslag med den svenske flåde, kom de hollandske skibe igennem med undsætning til København.
30. marts 1801 sejlede lord Nelson og en engelsk flåde forbi Kronborg på vej til at ødelægge den danske flåde i København. Den engelske flåde blev beskudt fra Krongborg uden resultat.