Københavns Slot blev formentlig grundlagt af Valdemar Atterdag omkring 1370 på den holm, hvor Absalons Borg tidligere havde ligget. Borgen var nedrevet af lybækkerne i 1368 som led i en aftale mellem kongen og Hansestæderne. Men omkring 1420 færdiggjorde Erik af Pommern slottet med Blåtårn, som var det store tårn, der benyttedes til fængsel. Senere satte Christian 3 spir på slottet, og spiret blev udskiftet med et endnu større af Christian 4.
I starten var det Roskildes biskop, som sad på borgen, men den blev overtaget af Erik af Pommern i 1417 og allerede i 1418 ledte kongen forsvaret af borgen mod en flåde fra Hansestæderne. Slottet blev de danske kongers foretrukne opholdssted fra Christoffer af Bayern og frem til det blev nedrevet under Christian 6 i 1731. I slottes ca. 360 år lange levetid blev det flere gange udbygget og forsynet med tilbygninger. Under Christian 2 var adelsmanden Torben Oxe høvedsmand på slottet. Han havde en affære med kongens elskerinde, Dyveke, og blev (formentligt uretfærdigt) anklaget og dømt for mordet på hende i 1517. I 1521 blev Sten Sture den Yngres hustru, Christina Nilsson Gyllenstierna, indsat som fange i Blåtårn, hvor hun sad indtil 1524. Det var også Christian 2, som i 1521 indkøbte en altertavle til slotskirken under et besøg i Antwerpen.
Da Frederik 4 ombygede slottet, blev altertavlen skænket til Sortebrødrekirken i Viborg, hvor den stadigvæk findes.
I 1534 overgav slottets kommandant, Johan Urne, slottet til Christoffer af Oldenburg, som sammen med lybeckerne kæmpede for at få løsladt Christian 2 fra Sønderborg Slot og genindsætte ham som konge. Under Grevens Fejde sad Christoffer altså på slottet, mens borgere og bønder på Sjælland og i Skåne hærgede adelens gårde. Christian 3 moderniserede slottet o. 1550, og i 1595-96 fik Blåtårn et spir af Christian 4.
Det store tårn forrest til højre er Blåtårn, som blev brugt som statsfængsel. Den mest berømte fange er Leonora Christine Ulfeldt, som sad fanget her i 22 år fra 1663-1685. Her skrev hun Jammers Minde og herfra overværede hun den symbolske henrettelse af sin mand, Corfitz Ulfeld i slotsgården i 1663.
Frederik 4 foretog den sidste ombygning af slottet, inden den endeligt blev revet ned af Christian 6 og erstattet af det første Christiansborg.
I den periode, hvor Københavns Slot stod, havde byen to rådhuse. Det 2. rådhus og det 3. rådhus.