Nyborg Slot blev grundlagt under Valdemar den Store omkring 1170 som træbygninger omsluttet af en ringmur. De ældste dele af den nuværende bygning stammer fra Knud 6‘s tid omkring år 1200.
Gennem middelalderen blev der her holdt møder mellem kongen og udvalgte stormænd og gejstlige. Disse møder supplerede de oprindelige møder på tingstederne, hvor kongen havde det sidste ord, undtagen når der var kongevalg selvfølgelig. I 1300 tallet begyndte man at kalde disse møder Danehof. De blev som oftest afholdt på Nyborg Slot. I 1282 blev der afholdt et Danehof, hvor Erik Klipping skulle underskrive den første egentlige håndfæstning. I håndfæstningen stod bl.a., at danehof-møderne skulle afholdes en gang om året på slottet. På Danehoffet i 1287, dømte man her Erik Klippings mordere. Fra slutningen af 1300 tallet overgik møderne mere og mere til en snæver kreds af stormænd knyttet til kongen, det såkaldte Rigsråd. Fra 1360 fik danehoffet større betydning, idet det blev sidste instans i retsopgør. Det sidste danehof blev afholdt i 1413, hvor Erik af Pommeren skulle udnævnes til hertug af Slesvig.
Under interregnum var borgen overtaget i pant af Gerhard 3, men i 1348 kom den tilbage på danske hænder ved forhandlingerne mellem Valdemar Atterdag og Gerhards sønner på Nebbegård.
I 1481 blev Hans konge efter Christian 1. Han tog mere permanent ophold på slottet sammen med sin dronning Christine.
I 1534 Frederik 1‘s søn, Hans, på slottet som 13 årig. Men da borgerne i Nyborg gik over til grev Christoffer af Oldenburg, måtte Hans smugles ud af slottet forklædt som bondedreng og føres til Sønderborg. Samme år overgav slottet sig til Christoffer af Oldenburgs styrker.
Christian 3 satte slottet grundigt i stand o. 1550 og startede byggeriet af befæstningsanlæggene omkring slottet.
Under Karl Gustav krigene 1657-1660 blev slottet meget ødelagt. Det blev indtaget af svenskerne, som udvidede befæstningen. Denne blev senere igen udvidet af Frederik 3.
